虚拟服务器相对物理服务器而言更容易收到攻击，这也是管理程序技术开发过程中面临的新的隐患。位于美国佛罗里达州的整形和医疗器械供应商Exactech公司的网络管理员克雷格·布什表示，“一台服务器发生故障不会影响到整个网络，但是如果是管理程序就有可能发生这样的事，我们必须看到所有的安全问题都得到解决才会考虑介入虚拟化”。

虚拟化环境的安全问题归纳为四点：虚拟机溢出导致安全问题蔓延;虚拟机成倍增长，补丁更新负担加重;在隔离区(DMZ)运行虚拟机，可信赖平台和非信赖网络之间的鸿沟却难以跨越;管理程序技术的新特性容易受到黑客的攻击。

性能方面，用户发现提升并不明显。事实上，厂商常常掩盖了像CPU内核过度分配等问题，而这会拖累虚拟机管理程序的 CPU调度程序，从而降低性能。而内存是影响性能的另一大因素，对多线程应用软件进行虚拟化处理更是如此。

上述调查中，Dennington说，用户不满意的一个原因，就是期望和现实之间的差距，特别是存储虚拟化，它改变了数据中心的动力并且影响了存储、服务器和数据库管理程序。调查还显示，虚拟化环境也使抱怨声增加。72%的受访者称虚拟化环境确实影响了性能和应用的可用性。

安全和性能的隐忧之下，用户却还要面临许可证费用会“繁殖”的风险。“尽管虚拟服务器容易存储和迁移，但它们仍然是服务器，它们在软件、操作系统和管理上所要支出的费用和物理服务器一样多，”Forrester公司副总裁兼首席分析师James Staten说。

虚拟服务器在电力、成本的节约容易令公司过度兴奋，从而大量发布服务器和应用实例，最终导致许可证授权费用大大超标。

服务器虚拟化的情况下，每个服务器都需要一个Windows或Vmware的base license，而每一个客户操作系统(guest OS)和应用程序也会要许可证，“它虽然是虚拟的，但它不是免费的。”这让虚拟化的客户很无奈。

另外服务器虚拟化还需要共享存储和新的服务器，这些服务器要功能强、配置全，并预装AMD和英特尔等厂商提供的支持虚拟化技术的芯片。因此对于用户而言，虚拟化可能意味着要花更多的钱。

不得不提的还有虚拟机本身的授权许可。在今年于哥本哈根VMworld欧洲大会上，授权许可方式变动的话题成为焦点。VMware总裁Paul Martiz称，“尽管我们正努力让目前仍在使用的授权许可方式保持不变，但在未来的十年中，整体形势无疑会产生相当大的变化。”Martiz相信，整个行业都将不得不采取有效措施以应对由硬件性能的日益增强所带来的虚拟机授权许可方面的挑战。

此外，虚拟化的管理需要更多的IT技能。对一个要实施虚拟化的企业而言，让服务器、存储、业务连续性和安全等不同团队的许多人步调一致，这并不是件容易的事情。

根据IDG去年年底针对464名参与者做的一项虚拟化体验的调查显示，有44%的调查对象认为，缺乏足够的技能和培训是最大障碍。

一位华盛顿特区的顾问Patrick Kuo指出，虚拟化部署的最大问题在于，相关的IT负责人并不真正懂得如何设置基础架构，以便使得更容易管理。

“人们往往不会去思考如何调整虚拟化，但在企业应用里，你必须掌握大量细节。你要查看具体工作负载下的虚拟机的运行状况，并做一些分析，预测什么情况下系统利用率会从80%跳到90%，以及何时需要添加新的资源。” Kuo说。